次亜塩素酸水は厚生労働省によって食品添加物の認定を受けています。

次亜塩素酸水は、2002年（平成14年）より厚生労働大臣によって食品添加物（指定添加物）の認定を受けています。食品添加物にも色々な種類がありますが、次亜塩素酸水は甘味料や着色料のように食品に混ぜてつかうのではなく、殺菌が主な目的になっています。
　　次亜塩素酸水そのものは皮膚についたり誤飲してしまっても安全なものですが、食品添加物の規格基準では『次亜塩素酸水は、最終食品の完成前に除去しなければならない』との定めがありますので、「食品添加物だから食べても安全」という図式にはなりません。なお同じ殺菌料の食品添加物としては「次亜塩素酸ナトリウム」がありますが、こちらは皮膚についたり誤飲すると重大な事故につながりますので、やはり注意が必要です。
　　また次亜塩素酸ナトリウムのように毒性の強い食品添加物や、食べられるが発がん性を疑われる食品添加物などもありますので、「食品添加物だから安全」なのではなく、「安全だから食品添加物に指定された」というのが正しくなります。

食品添加物としての次亜塩素酸水は何でもよいわけではなく、原材料と製造方法が指定されています。食品添加物としての次亜塩素水は、「強酸性次亜塩素酸水」「弱酸性次亜塩素酸水」「微酸性次亜塩素酸水」の3つに分類されており、それぞれpHと有効塩素濃度が指定されています。

• 強酸性次亜塩素酸水…pH2.7以下、有効塩素20〜60[ppm]
• 弱酸性次亜塩素酸水…pH 2.7〜5.0 有効塩素10〜60[ppm]
• 微酸性次亜塩素酸水…pH 5.0〜6.5、有効塩素10〜30[ppm]

原材料は、強酸性次亜塩素酸水と弱酸性次亜塩素酸水については塩（塩化ナトリウム）と水のみが、微酸性次亜塩素酸水は塩酸及び塩（塩化ナトリウム）と水のみと指定されており、製造方法はいずれも電気分解だけが認められています。次亜塩素酸水を製造するもうひとつの方法である、次亜塩素酸ナトリウムと希塩酸の混合では、食品添加物として認められないということになります。

次亜塩素酸水の強力な殺菌効果は医療現場でも用いられています。具体的には1996年（平成8年）に「手指の殺菌洗浄用途」として初めて医療機器認可を取得し、1997年（平成9年）には複数の医療機器メーカーが「軟性内視鏡用洗浄消毒器」の医療機器認可を取得しています。
　　医療機器に用いられる次亜塩素酸水は、pH値の低い強酸性次亜塩素酸水（強酸性電解水）ですので、家庭向けに販売されている弱酸性・微酸性次亜塩素酸水とは種類が異なります（科学的な特性はもちろん同じ）。強酸性次亜塩素酸水は遮光せずに保管した場合数日で効果を失いますので、医療用に用いられる次亜塩素酸水は、次亜塩素酸水そのものが認可されているのではなく、あくまでも製造装置（消毒器）が医療機器として認可をされています。