次亜塩素酸水は次亜塩素酸ナトリウムと異なり、除菌消臭剤として気軽にスプレーをすることができますので、スプレー容器に入れるのがオススメです。しかし紫外線に当たると分解されてしまうため、遮光性のある容器でなければ効果を失ってしまいます。

次亜塩素酸水は次亜塩素酸ナトリウムや他の除菌消臭剤と比較して寿命が短い商品です。業務用で用いる強酸性次亜塩素酸水（強酸性電解水）は数日で効果を失ってしまうため、保存して使うのではなく製造装置を購入し、基本的には掛け流しで用います。 
　　一方家庭で用いる場合に製造装置を導入することは難しいため、比較的寿命の長い微酸性次亜塩素酸水（微酸性電解水）を購入して用います。適切に保存をすれば、未開封・未希釈状態で半年から1年程度の保管が可能です。下記に注意をして保存をしてください。

前述の通り、次亜塩素酸水を保管する場合においても遮光は重要です。ただし日常的に利用するものではなくストック用の場合は、日光に当たらない奥まった場所で保管ができれば、容器の遮光性そのものにはあまりこだわらなくてもよいでしょう。

次亜塩素酸水は紫外線に当たらなくとも徐々に分解され、気化して塩素が抜けていきます。この場合空気に触れる綿製が広いほど早く気化してしまいますので、容器は完全密封のものを選択してください。また選択肢があるのであれば、ガスバリア性（気体の遮断性能）が高いものを選ぶとより長期間保存できます。

これも前述の通り、金属製のボトルは避ける必要があります。またレトルト食品などによく用いられるアルミパウチ（アルミを蒸着させた袋）はガスバリア性能が高いのですが、塩素による腐食の可能性があるため避けた方がよいでしょう。 

次亜塩素酸は温度が高いほど速い速度で反応し、分解していきます。そのため、日常利用の分についてはむしろ高温で使った方がよいのですが、保管をする場合にはできるだけ低温にした方が反応が抑えられて長期間保存ができます。 
　　 ストック分の次亜塩素酸水全てを冷蔵庫に入れることは難しいと思いますが、日当たりがよく真夏には35℃を超える様な部屋、また車の車内などで保管をすることは避けたほうがよいでしょう。暗くて涼しくて日光が当たらない場所があればそこでの保管がベストです。