次亜塩素酸水はハイターなどの次亜塩素酸ナトリウムと異なり、スプレーボトルに入れて除菌消臭剤として使うのがオススメです。しかし次亜塩素酸水は他の除菌消臭剤と比較して利用期限が短く、特に日光（紫外線）に弱いという問題があるため注意が必要です。

次亜塩素酸水は除菌消臭剤として優れた効果を発揮しますので、スプレーボトルに詰めて「気になる場所にささっとプッシュ」ができるようにしておくと大変便利です。最初からスプレー式の次亜塩素酸水を購入した場合はそのまま使用しても構いませんが、詰め替え式の次亜塩素酸水を購入した場合や、濃度を変えて複数を常備したい場合は、次のような基準でスプレーボトルを選ぶようにしてください。

次亜塩素酸水は強い殺菌消毒力を持っていますが、有機物に触れるとすぐに分解して水になってしまうため、通常の除菌消臭剤よりも多めに吹き付けてやると効果を発揮します。スプレー式のボトルなどに詰めて使用する場合は、ガン（プッシュ部分）が大きい物を選択して、1回辺りの噴出量が多いものを選ぶと使い勝手がよいでしょう。

次亜塩素酸（HClO）は紫外線（日光）に当たると、塩素と酸素に分解して揮発してしまいます。熱帯魚や水槽用の水道水を日光に当ててカルキ抜きをするのと同じ理屈です。そのため、ノロウイルス感染者の嘔吐物や排泄物を緊急で処理をするなど、すぐ使い切る場合はどんな入れ物でも構いませんが、除菌消臭剤として日常で使い続ける場合の容器には、遮光性が求められます。 
　　また、光といっても次亜塩素酸を分解できるのは紫外線に限られますので、室内の蛍光灯やLED・白熱球の光では次亜塩素酸水は分解されません。室内での利用についてはそれほど神経質にならなくても大丈夫です。ただし容器自体は遮光性があっても、フタの材質が異なり紫外線が透過できるような場合は分解されてしまいますので注意が必要です。

一般的に家庭で用いる次亜塩素酸水はpH値が中性に近い微酸性次亜塩素酸水ですので、金属を溶かしたり腐食したりする効果は強くありません。しかし皆無という訳でもありませんので、常に触れ続けるボトル容器については、金属製の物を使わないようにしましょう。 
　　また同じ理屈で、加湿器に次亜塩素酸水をいれて使用する場合も、塩素の腐食対策を講じた商品でなければ寿命が早くなりますので、次亜塩素酸水を室内散布する場合には、超音波式の噴霧器を用いることが望ましいです。

次亜塩素酸水の除菌消臭は化学反応ですので、温度が高くなるほど効果（反応速度）が高くなります。冷やして保存すると効き目が悪くなりますので、日常で毎日使うスプレーボトルについては常温で保管しておいた方がよいでしょう。